Den norske kysttorskbestanden nord for 62°N gjekk ned åra frå 1997 til 2005 og har sidan halde seg lavt. Borgundfjorden er sidan 2009 verneområde for kysttorsken, då fjorden er ein viktig gyteplass for denne torskbestanden. Dette inneberer at området er stengt for kommersiell fiskeri og garnfiske i gytesesongen som varer frå 1. mars til 31. mai. Fritidsfiske med snøre er likevel tillat.

Under regi av Havforskningsinstituttet estimerer vi biomassen av den årlege gytebestandens i området til å vurdere kva effekt innføringa av de marine verneområdet har på kysttorskbestanden i Borgundfjorden. Prosjektet skal etablere ein standardisert måte å estimere gytebestandens biomasse av torsk innanfor eit marint beskytta område, ved a måle mengda av toskegg i vannmassen, og derfrå bregne bestanden av gytefisk.

Sidan 2012 har vi i gytesesongen samla inn planktonprøver for å kvantifisere gyteforløpet og eggmengda i Borgundfjorden. Prøver vert samla inn med vertikaltrekk av planktonhåv frå fleire faste stasjoner i fjorden. Prøvetaking skjer kvar veke i torsken si gyteperiode, frå februar til april. Parallelt med dette vert det målt vertikalprofilar med CTD for temperatur, salinitet og oksygenforhold. Prøvene blir opparbeida på fersk materiale på laboratoriet, der fiskeegga vart skilt frå dyreplanktonet. Deretter vert torskeegga skilt frå andre fiskeegg og stadiesortert etter utviklinggrad. For å skilje mellom egga frå kysttorsk og skrei, som ser helt lika ut, vart egga genetisk analysert.